战国为楚国巫郡。秦昭襄王三十年（前277）改置巫县。东汉建安十五年（210），析巫县置北井县。蜀汉章武二年（222），县境属吴国宜都郡。吴孙休永安三年（260）分宜都郡置建平郡，治巫县。西晋秦始四年（268）隶属巴东郡。

    隋开皇三年（583）改巫山县，属建平郡。巫山在县东，也称巫峡，县因以为名。巫山以上古唐尧时代巫咸（尧帝的御医）而得名。

    清康熙九年（1670年）大昌县并入本县。1951年3月，湖北省建始县铜鼓乡划归本县官渡区境域。1961年3月，将龙溪公社所属上安、下安、双河三个大队的山地1784.5亩，水田342.3亩析出，划归巫溪县境，形成至今的巫山县境。

    1949年10月2日巫山解放，12月17日，成立四川省巫山县人民政府。1997年6月28日，巫山县划归重庆直辖市。

    1997年，巫山县面积2958.2平方千米，人口57.3万。辖巫峡、福田、龙溪、大昌、庙宇、双龙、官阳、骡坪、抱龙、官渡、铜鼓11个镇；五龙、白云、白果、红椿、大山、龙井、两坪、望霞、建平、南陵、曲尺、大溪、金坪、龙雾、钱家、何土尚、起阳、平河、庙堂、当阳、鸳鸯、三溪、田家、月池、楚阳、竹贤、石碑、青峰、洛阳、邓家、雪花、笃坪、培石、新花、双庙、新营、平南37个乡。县政府驻巫峡镇。

    2000年第五次人口普查，全县总人口571959人，其中：巫峡镇68620人、庙宇镇41658人、大昌镇31992人、福田镇33143人、龙溪镇22758人、双龙镇10315人、官阳镇8863人、骡坪镇13433人、抱龙镇8857人、官渡镇23377人、铜鼓镇15152人、红椿乡6132人、五龙乡6748人、白云乡4826人、白果乡13149人、大山乡3783人、龙井乡10781人、望霞乡4077人、两坪乡15127人、曲尺乡17659人、南陵乡6743人、建平乡7201人、大溪乡12109人、钱家乡9880人、龙雾乡11632人、金坪乡4414人、何淌乡6798人、平河乡7402人、起阳乡7112人、庙堂乡2502人、当阳乡6756人、鸳鸯乡5015人、楚阳乡9050人、竹贤乡5060人、月池乡5999人、田家乡6624人、三溪乡9987人、洛阳乡4646人、培石乡7955人、石碑乡9805人、笃坪乡11288人、雪花乡3878人、邓家乡4161人、青峰乡3674人、双庙乡12735人、平南乡10808人、新花乡9248人、新营乡9027人。

    2002年12月31日，撤销邓家乡、红椿乡，设立邓家土家族乡和红椿土家族乡，其行政管辖区域和政府驻地不变（渝府[2002]230号）。

    2002年，巫山县辖11个镇、37个乡，22个居委会、567个村委会。年末户籍总人口58.87万人，其中非农业人口5.34万人。2003年12月12日，重庆市人民政府《关于同意巫山县行政区划调整方案的批复》（渝府[2003]267号）同意巫山县将48个乡镇调整为41个乡镇。

    一、撤销7个乡：撤销洛阳乡、雪花乡、大山乡、鸳鸯乡、望霞乡、五龙乡、何淌乡。

    二、扩大5个镇、2个乡的行政区域

    （1）抱龙镇：政府驻抱龙河，辖原抱龙镇、洛阳乡所辖行政区域，面积72.89平方千米，人口14387人。

    （2）庙宇镇：政府驻庙宇槽，辖原庙宇镇、大山乡所辖行政区域，面积142.88平方千米，人口47908人。

    （3）骡坪镇：政府驻骡坪，辖原骡坪镇、鸳鸯乡所辖行政区域，面积101.62平方千米，人口19318人。

    （4）福田镇：政府驻桥头溪，辖原福田镇、五龙乡所辖行政区域，面积123.78平方千米，人口42285人。

    （5）官阳镇：政府驻八树坪，辖原官阳镇、何淌乡所辖行政区域，面积111.75平方千米，人口17340人。

    （6）笃坪乡：政府驻墓林包，辖原笃坪乡、雪花乡所辖行政区域，面积123.25平方千米，人口16105人。

    （7）两坪乡：政府驻花栗树，辖原两坪乡、望霞乡所辖行政区域，面积130.90平方千米，人口19708人。

    三、保留6个镇、28个乡的行政区域和政府驻地不变：保留巫峡镇、官渡镇、铜鼓镇、龙溪镇、大昌镇、双龙镇、龙井乡、曲尺乡、大溪乡、南陵乡、建坪乡、坪南乡、新花乡、双庙乡、新营乡、石碑乡、培石乡、青峰乡、白果乡、白云乡、龙雾乡、钱家乡、金坪乡、平河乡、起阳乡、当阳乡、庙堂乡、竹贤乡、楚阳乡、三溪乡、月池乡、田家乡、红椿土家族乡、邓家土家族乡的行政区域和政府驻地不变。

    2005年3月25日，重庆市人民政府《关于巫山县行政区划调整方案的批复》（渝府[2005]52号）同意巫山县将41个乡镇调整为26个乡镇。

    一、撤销15个乡：撤销青峰乡、石碑乡、平南乡、新营乡、新花乡、双庙乡、南陵乡、田家乡、月池乡、楚阳乡、龙雾乡、钱家乡、白果乡、白云乡、起阳乡。

    二、调整8个镇、4个乡行政辖区范围

    （1）抱龙镇：管辖原抱龙镇、石碑乡和青峰乡所属行政区域，辖1个居委会，17个村委会，幅员面积148.13平方千米。镇政府驻抱龙河。

    （2）官渡镇：管辖原官渡镇、新营乡、平南乡、双庙乡的庙坪村和新花乡的水库、杨坝村所属行政区域，辖1个居委会，27个村委会，幅员面积202.58平方千米。镇政府驻官渡河。

    （3）铜鼓镇：管辖原铜鼓镇和双庙乡的双庙、柳池、观阁、鲍田村所属行政区域，辖1个居委会，11个村委会，幅员面积90.14平方千米。镇政府驻铜鼓包。

    （4）巫峡镇：管辖原巫峡镇12个居委会及龙江、西坪、柳树村和南陵乡的南陵居委会、平安村、东岗村、跳石村所属行政区域，辖13个居委会，6个村委会，幅员面积66.82平方千米。镇政府驻巫峡镇广东路。

    （5）骡坪镇：管辖原骡坪镇、楚阳乡所属行政区域，辖1个居委会，17个村委会，幅员面积159.4平方千米。镇政府驻骡坪。

    （6）大昌镇：管辖原大昌镇、白果乡、白云乡所属行政区域，辖1个居委会，30个村委会，幅员面积188.33平方千米。镇政府驻邓家岭。

    （7）双龙镇：管辖原双龙镇、龙雾乡和钱家乡所属行政区域，辖1个居委会，20个村委会，幅员面积141.99平方千米。镇政府驻双龙。

    （8）官阳镇：管辖原官阳镇和起阳乡的金龙村所属行政区域，1个居委会，13个村委会，幅员面积118.47平方千米。镇政府驻八树坪。

    （9）建平乡：管辖原建平乡、南陵乡的春晓村和新花乡的瓜瓢、云台村所属行政区域，辖8个村委会，幅员面积104.94平方千米。乡政府驻建平。

    （10）龙井乡：管辖原龙井乡和巫峡镇的文峰、龙水、七星、黎早、桂花、新路、陈家村所属行政区域，辖15个村委会，幅员面积127.07平方千米。乡政府驻老堰塘。

    （11）三溪乡：管辖原三溪乡、月池乡和田家乡所属行政区域，辖18个村委会，幅员面积106.96平方千米。乡政府驻三溪河。

    （12）平河乡：管辖原平河乡和起阳乡的起阳、龙潭、大峡村所属行政区域，辖8个村委会，幅员面积84.65平方千米。乡政府驻燕翅膀。

    三、保留3个镇、11个乡行政辖区和政府驻地不变：庙宇镇、福田镇、龙溪镇、邓家乡、笃坪乡、培石乡、红椿乡、大溪乡、曲尺乡、两坪乡、竹贤乡、金坪乡、当阳乡、庙堂乡。

    2008年，全县辖11个镇、13个乡、2个民族乡：巫峡镇、庙宇镇、大昌镇、福田镇、龙溪镇、双龙镇、官阳镇、骡坪镇、抱龙镇、官渡镇、铜鼓镇、红椿土家族乡、龙井乡、两坪乡、曲尺乡、建平乡、大溪乡、金坪乡、平河乡、庙堂乡、当阳乡、竹贤乡、三溪乡、培石乡、笃坪乡、邓家土家族乡。共有315个行政村、30个居委会。县政府驻巫峡镇。

    《重庆市人民政府关于撤销巫山县庙堂乡的批复》（渝府[2009]135号 二○○九年八月三十一日）

    巫山县人民政府：

    你县《关于撤销庙堂乡人民政府行政建制的请示》（巫山府文[2009]50号）收悉。现批复如下：

    为保护生态环境、改善当地群众的生产生活条件，市政府同意撤销庙堂乡，将庙堂乡所辖区域整体划归平河乡管辖。调整后的平河乡幅员面积133.81平方千米，辖6个村，乡政府驻燕翅膀（原址）。

    此次调整后，巫山县共辖25个乡镇，其中14个乡、11个镇。