《办法》规定，主检医师负责确定职业健康检查项目和周期，对职业健康检查过程进行质量控制，审核职业健康检查报告。主检医生应具备执业医师证书，中级以上专业技术职务任职资格以及职业病诊断资格，从事职业健康检查相关工作3年以上，熟悉职业卫生和职业病诊断相关标准。
《办法》规定，医疗卫生机构开展职业健康检查应当与用人单位签订委托协议书，由用人单位统一组织劳动者进行职业健康检查，也可由劳动者持单位介绍信进行职业健康检查。职业健康检查费用由用人单位承担。职业健康检查机构应当建立职业健康检查档案，保存时间应当自劳动者最后一次职业健康检查结束之日起不少于15年。
相比2002年发布的《职业健康监护管理办法》，新《办法》对职业健康检查机构的监管内容更加细化，规定县级以上地方卫生计生行政部门应当加强对本辖区职业健康检查机构的监督管理。按照属地化管理原则，制订年度监督检查计划，做好职业健康检查机构的监督检查工作。
